Michael Fassbender'in canlandırdığı Magneto ve James McAvoy'un canlandırdığı Professor X'in bir grup genç mutanta liderlik yaptığı yeni X-Men, efsanenin başlangıcını anlatıyor ve tarihin akışını değiştiren küresel olayların arkasındaki sır perdesini aralıyor.
Mutantlar kendilerini dünyaya deşifre etmeden ve Charles Xavier ve Erik Lensherr, Profesör X ve Magneto isimlerini almadan önce, ikili, güçlerini yeni keşfetmeye başlayan iki genç adamdı. Birbirlerinin düşmanı haline gelmeden önce diğer Mutantlarla beraber çalışarak dünyayı tehdit eden en büyük tehlikeyi durdurmaya çalışan bu iki yakın arkadaş arasında zamanla patlak veren anlaşmazlıkla birlikte Magneto Kardeşliği ve Profesör X'in X-Men'i arasında süregelen ezeli savaşın temelleri atılır.