Yeni uzaylı teknolojisi ile araştırma yapmak için Nano teknelojisi almak için takas esnasında gizmli bir adamın bütün Nano teknelojisini kullanarak insanların beynini yıkayıp onları dünyayı ele geçirmek için kullanmayı planlamaktadır. Ama Ben, Kevin ve Gwen dünyayı kurtarmak için yine kendilerini bir tehlikede bulurlar.